В соответствии со ст. 102 ч. (81) НК, уплаченная или подлежащая уплате сумма НДС на приобретаемые товарно-материальные ценности, а также на приобретаемые товарно-материальные ценности и услуги, использованные при изготовлении товаров, которые в процессе предпринимательской деятельности были уничтожены вследствие стихийных бедствий, подлежит вычету при условии, что существование таких ситуаций продемонстрировано и подтверждено.
Согласно ст. 93 п.2) НК, товар, в целях применения положений третьего раздела НК, товарно-материальные ценности определяются как продукт труда в форме изделий, товаров народного потребления и продукции производственно-технического назначения, здания, сооружения и другое недвижимое имущество.
Таким образом, учитывая, что оборудование подпадает под определение товарно-материальных ценностей, то право на зачет НДС сохраняется в случае его (оборудования) уничтожения в результате подтвержденного стихийного бедствия.